Tax Alert – zmiany w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej i ustawie o podatku od towarów i usług

3 lipca 2025 r. Prezydent RP podpisał nowelizację ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług. Głównym założeniem zmian jest umożliwienie podatnikom składania korekt deklaracji podatkowych w trakcie, jak i po zakończeniu kontroli celno-skarbowej – poinformowała Kancelaria Prezydenta.

Powody zmian

Jak wskazano w uzasadnieniu do projektu ustaw, celem nowelizacji jest uregulowanie uprawnienia do dobrowolnego wykonywania przez kontrolowanego obowiązku podatkowego w postaci złożenia korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli, a także usunięcia wątpliwości interpretacyjnych w zakresie uprawnienia do złożenia deklaracji, jeśli nie została ona złożona przed wszczęciem lub zakończeniem kontroli celno-skarbowej.

Ministerstwo Finansów podkreśla, że zmiany realizują założenia IV filaru planu „Polska. Rok przełomu” – „Wsparcie dla biznesu i deregulacja”, który zakłada eliminację zbędnych procedur administracyjnych, redukcję kosztów prowadzenia działalności oraz zwiększenie przejrzystości systemu podatkowego.

Zmienione przepisy

Nowelizacja ustawy o KAS i ustawy o VAT umożliwi podatnikom:

• złożenie korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli celno-skarbowej.
• złożenie deklaracji pierwotnej, jeżeli ta nie została wcześniej złożona, po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli) i po zakończeniu tej kontroli (doręczeniu wyniku kontroli).

Złożenie korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości

Dotychczasobowiązujące przepisy ustawy o KAS przewidywały możliwość złożenia korekty deklaracji uwzględniającej całość nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli, jeżeli przedmiotem było konkretne zobowiązanie podatkowe. W konsekwencji, jeżeli kontrolowany zgadzał się ze stwierdzonymi nieprawidłowościami jedynie częściowo to złożona korekta deklaracji nie była uwzględniania. W rezultacie powodowało to, przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe obejmujące całość zobowiązania podatkowego.  

Nowelizacja wprowadza możliwość złożenia korekty deklaracji, która uwzględnia jedynie część stwierdzonych nieprawidłowości. W takiej sytuacji organ może uwzględnić tę korektę, co ogranicza przedmiot sporu i zawęża zakres przekształconego postępowania podatkowego do tych elementów, z którymi kontrolowany się nie zgadza. Zmiana ta znajduje swoje odzwierciedlenie w dodanym art. 83 ust. 1 pkt 2a ustawy o KAS zgodnie z którym kontrola ulega przekształceniu, jeżeli podatnik złoży deklarację lub korektę deklaracji uwzględniającą część ustaleń kontroli, a organ te korekty zaakceptuje. W takich przypadkach organ wyda decyzję podatkową dotyczącą całego zobowiązania, lecz postępowanie podatkowe będzie ograniczone tylko do tej części, która nie została objęta korektą. Co więcej, wprowadzono także stosowne zmiany do art. 83 ust. 2 i 3a ustawy o KAS. Przewidują one obowiązek zawiadomienia podatnika o uwzględnieniu złożonej przez niego deklaracji lub korekty oraz przesłanie tego zawiadomienia do właściwego dla kontrolowanego urzędu skarbowego.

Jak wskazano w uzasadnieniu projektu nowelizacji: „proponowane zmiany mają na celu ograniczenie przedmiotu sporu pomiędzy kontrolowanym a naczelnikiem urzędu celno-skarbowego, co w konsekwencji prowadzi do zawężenia przedmiotu postępowania podatkowego przekształconego z kontroli celno-skarbowej, jeżeli naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględni korektę deklaracji w części, w której kontrolowany zgadza się ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami”.

Złożenie deklaracji po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej

Drugim istotnym elementem nowelizacji jest prawo podatnika do złożenia tzw. deklaracji pierwotnej po wszczęciu oraz po zakończeniu kontroli celno-skarbowej. Zmiana ta ma istotne znaczenie praktyczne, ponieważ dotychczas obowiązujące regulacje były w tym zakresie nieprecyzyjne i prowadziły do rozbieżności interpretacyjnych.

Zgodnie z obecnym brzmieniem art. 62 ust. 4–4c, art. 82 ust. 2 pkt 6 i ust. 3 oraz art. 83 ust. 1, 2 i 3a ustawy o KAS, podatnik może w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli skorygować wcześniej złożoną deklarację podatkową. Organy podatkowe przyjmowały w związku z tym, że po wszczęciu kontroli możliwe jest jedynie złożenie korekty deklaracji, a nie jej pierwotnej wersji. W rezultacie podatnik, który nie złożył deklaracji przed kontrolą, tracił możliwość jej późniejszego złożenia.

Nowelizacja usuwa tę barierę. Od 1 października 2025 r. Podatnik będzie mógł tylko skorygować uprzednio złożoną deklarację, ale także zyska prawo do złożenia deklaracji pierwotnej po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej oraz po jej zakończeniu, jeśli deklaracja nie została wcześniej złożona. W praktyce oznacza to, że podatnik zyska prawo do uzupełnienia zaległych rozliczeń podatkowych także w trakcie lub po kontroli, co umożliwi uiszczenie zobowiązania podatkowego wynikającego z tej deklaracji. Skutkiem tego będzie zapobieżenie dalszemu naliczaniu odsetek za zwłokę od zapłaconej kwoty podatku.

Zmiana ta przynosi również inne konkretne korzyści finansowe dla kontrolowanego, o których warto wspomnieć. Umożliwi bowiem zastosowanie obniżonej stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 15%, przewidzianej w art. 112b ust. 2a. ustawy VAT. Do tej pory preferencyjna stawka obowiązywała jedynie w przypadku korekt deklaracji; po nowelizacji będzie ją można zastosować również do deklaracji pierwotnych złożonych w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli celno-skarbowej.

Co więcej, jeśli podatnik złoży pierwotną deklarację, w której zgodzi się w całości ze stwierdzonymi nieprawidłowościami, postępowanie podatkowe nie będzie musiało być wszczynane. Dzięki temu podatnik uniknie dodatkowych kosztów, a organ skarbowy szybciej zakończy kontrolę.

Termin wprowadzenia zmian

Nowelizacja została przyjęta przez Sejm z dużym poparciem – za głosowało 416 posłów, nikt nie był przeciw ani nie wstrzymał się od głosu. Prezydent podpisał ustawę, co oznacza, że zmiany wejdą w życie z dniem 1 października 2025 roku.

***

Co najważniejszego zostanie zmienione w ustawie o KAS oraz ustawie o podatku od towarów i usług?

Podatnicy zyskają możliwość składania korekt deklaracji częściowo uwzględniających nieprawidłowości wykazane w kontroli celno-skarbowej oraz prawo do złożenia deklaracji pierwotnej po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeśli wcześniej nie została złożona.

Czym jest spowodowana zmiana?

Zmiany mają na celu uproszczenie procedur podatkowych, ograniczenie przedmiotu sporów między podatnikami a organami oraz poprawę efektywności działania Krajowej Administracji Skarbowej, zgodnie z planem gospodarczym „Polska. Rok przełomu” na 2025 rok.

Od kiedy będą obowiązywały zmiany?

Nowe przepisy obowiązują od 1 października 2025 roku.

Źródła:

• Rządowy projekt ustawy z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług,
• Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 615 z późn. zm.).
• Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775).