Wygrane sprawy

Wyrokiem z 26 lutego 2025 r., o sygn. III SA/Wa 2910/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 24 października 2024 r. nr. […] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych. Ponadto Sąd przyznał Stronie zwrot kosztów postępowania sądowego. Tym samym Sąd w całości przychylił się do żądań, reprezentowanej przez Kancelarię, Strony.

Skarżąca Spółka zwróciła się w wniosku o interpretację podatkową z pytaniem: Czy w zdarzeniu przyszłym obowiązek podatkowy u komplementariuszy Spółki z tytułu udziału w zyskach osób prawnych na gruncie art. 30a ust. 1 pkt 4 i ust. 6a w związku z art. 41 ust. 4e ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 226, z póżn. zm., dalej „u.p.d.o.f.”) powstanie w momencie wypłaty na rzecz komplementariuszy zaliczek na poczet przyszłego zysku i tym samym, czy Spółka, jako płatnik zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych, będzie zobowiązana do pobierania i wpłacania podatku od udziału w zyskach osób prawnych w dacie wypłaty na rzecz komplementariuszy Spółki zaliczek na poczet przyszłego zysku? Zdaniem Spółki, w przytoczonym zdarzeniu przyszłym odpowiedź na pytanie interpretacyjne Strony jest przecząca.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nie zgodził się z tym stanowiskiem. Wskazując, że wypłata przez Spółkę w trakcie roku podatkowego komplementariuszowi zaliczki na poczet zysku rocznego Spółki stanowi dla niego przychód z tytułu udziału w takim zysku, który podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych na analogicznych zasadach jak przychody z tytułu udziału w zyskach osób prawnych. Przychód ten powstaje zatem w momencie jego wypłaty i jest opodatkowany stawką 19%. Spółka jest obowiązana jako płatnik pobierać zryczałtowany podatek dochodowy od ww. wypłat dokonywanych na rzecz komplementariuszy.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nie podzielił argumentacji organu podatkowego. Sąd przyznał rację naszej Kancelarii stwierdzając, że Spółka nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f., a przedstawiony sposób rozumienia relacji między art. 41 ust. 4e i art. 30a ust. 1 pkt 4 oraz 6a-6e u.p.d.o.f. odpowiada zakazowi podwójnego opodatkowania zysku komplementariusza spółki komandytowej. Wspólnicy spółki komandytowej zostaną opodatkowani od faktycznie uzyskanego przez nich dochodu z uczestnictwa w zysku takiej spółki. W przypadku jednak wypłaty zysku na rzecz komplementariusza przyznane zostanie mu prawo do odliczenia od podatku naliczonego od wypłat z zysku kwoty podatku zapłaconego przez spółkę komandytową od własnych dochodów, w części, w jakiej zapłacony przez spółkę ekonomicznie obniżał wypłacony podatek komplementariuszowi zysk tej spółki.

W związku z powyższym WSA uchylił zaskarżoną interpretację indywidulaną, zaznaczając przy tym, że przy ponownym rozpoznaniu wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, DKIS winien uwzględnić ocenę Sądu zawartą w niniejszym wyroku.

Wyrokiem z 9 października 2024 r., sygn. akt II FSK 970/24 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną Dyrektora Izby Administracji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 17 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Łd 146/24, w sprawie ze skargi S. sp. k. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 27 grudnia 2023 r., nr […] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych.

Spółka zwróciła się we wniosku o interpretację podatkową z pytaniem: czy jako płatnik w trakcie roku podatkowego, wypłacając komplementariuszom zaliczki na poczet udziału w zysku, ma obowiązek poboru zryczałtowanego podatku dochodowego (PIT) na podstawie art. 30a ust. 1 pkt 4 ustawy o PIT? W ocenie Spółki, obowiązek taki na niej nie ciążył, gdyż określenie wysokości podatku wymaga uprzedniego ustalenia podatku należnego za dany rok, co możliwe jest dopiero po jego zakończeniu.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nie zgodził się z tym stanowiskiem. Uznał, że już sama wypłata zaliczki powoduje powstanie przychodu u komplementariusza (na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o PIT), co skutkuje obowiązkiem pobrania zryczałtowanego podatku. Stanowiska tego nie podzielił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi. Wobec czego, Dyrektor KIS wniósł skargę kasacyjną.

Naczelny Sąd Administracyjny również nie podzielił argumentacji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej. Przychylił się on do stanowiska WSA w Łodzi oraz argumentacji prezentowanej przez Kancelarię, uznając, że  S. sp. k. jeżeli ustawa podatkowa przedmiotem opodatkowania czyni przychody z tytułu udziału w zysku, to za takie można uznać tylko świadczenie, do którego prawo wspólnik nabywa po zakończeniu roku podatkowego; zryczałtowany podatek dochodowy od przychodu z udziału w zysku może zatem być pobrany wyłącznie od faktycznie osiągniętego przychodu z udziału w zysku – a nie od zaliczki na poczet tego zysku, którego wysokość w trakcie roku obrotowego nie jest jeszcze znana.

Naczelny Sąd Administracyjny nie dostrzegł naruszenia przez Wojewódzki Sąd Administracyjny prawa procesowego ani materialnego. Wobec powyższego, skarga kasacyjna organu podatkowego podlegała oddaleniu.

Wyrokiem z 7 czerwca 2024 r., o sygn. III SA/Wa 752/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 29 grudnia 2023 r. nr. […] oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Piasecznie z 29 listopada 2022 r. w przedmiocie orzeczenia o solidarnej odpowiedzialności byłego prezesa zarządu wraz ze spółką za zaległości podatkowe spółki w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2016 r. do czerwca 2017 r.

Sąd przyznał rację Stronie, że organy podatkowe nie wykazały w prawidłowy sposób, że spełniona została przesłanka określona w art. 108 § 2 pkt 2 lit. a) O.p. Jak wyjaśnił WSA, organ nie wykazał bowiem skutecznego doręczenia decyzji NUS z dnia 9 listopada 2021 r. Zignorowano wskazany w treści ogólnego pełnomocnictwa adres do doręczeń elektronicznych, pomimo że pełnomocnictwo uprawniało profesjonalnego pełnomocnika do działania w imieniu Spółki w postępowaniu podatkowym. Zamiast tego, organ błędnie przyjął skuteczność doręczenia w trybie zastępczym (art. 150 O.p.), co nie miało podstaw w realiach sprawy.

WSA podkreślił, że w okolicznościach sprawy organy podatkowe obowiązane były dochować szczególnej staranności w wykazaniu prawidłowości doręczenia decyzji.  Wymóg ten wynika po pierwsze z gwarancyjnego charakteru instytucji doręczeń, co wielokrotnie akcentował Naczelny Sąd Administracyjny, m.in. w uchwale I FPS 4/21. Po drugie, prawidłowe i jednoznacznie wykazane doręczenie miało w tej sprawie kluczowe znaczenie także z uwagi na subsydiarny i wyjątkowy charakter odpowiedzialności osoby trzeciej (naszego Klienta) za zobowiązania podatkowe spółki.

W konsekwencji Sąd uchylił zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2023 r. poz. 1634 ze zm.; dalej: p.p.s.a) samodzielnie i w związku z art. 135 p.p.s.a., odpowiednio.

Wyrokiem z 5 czerwca 2024 r., o sygn. III SA/Wa 428/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 8 grudnia 2023 r. nr. […] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2016 r. oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Legionowie z 3 lipca 2023 r. nr […]. Ponadto Sąd umorzył postępowanie podatkowe i przyznał Stronie zwrot kosztów postępowania sądowego. Tym samym Sąd w całości przychylił się do żądań, reprezentowanej przez Kancelarię, Strony.

WSA przyznał rację Stronie, że zobowiązanie podatkowe, które było przedmiotem uchylonych decyzji uległo przedawnieniu. Nieskuteczne było bowiem zawieszenie biegu terminu przedawnienia z racji na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe. Spowodowane to było instrumentalnym wszczęciem postępowania przez organ, wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia.

Zdaniem Sądu uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie zawiera okoliczności istotnych do oceny czy powołanie się przez organ na zawieszenie biegu terminu przedawnienia miało, czy też nie, instrumentalny charakter. To zaś na organie spoczywa ciężar wyczerpującego wykazania zasadności podjęcia karnej skarbowej czynności procesowej i faktu, że jego celem nie było zawieszenie biegu terminu przedawnienia.

Sąd wskazał ponadto na inne przesłanki świadczące o instrumentalnym wykorzystaniu przez organ instytucji wszczęcia postępowania karnoskarbowego, np. brak realnej aktywności organu w postępowaniu przygotowawczym oraz zbliżający się termin przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Wojewódzki Sąd Administracyjny wskazał też na chronologie działań organów z której wynika, że wszczęcie postępowania karnego miało na celu jedynie zyskanie na czasie, tak aby mogły one spokojnie zakończyć postępowanie podatkowe w obu instancjach. W wyniku wcześniejszego błędu – w pierwszym postępowaniu, które zostało zakończenie decyzją o umorzeniu – organy zmuszone były szukać możliwości dalszego prowadzenia sprawy i wydania decyzji wymiarowej, pomimo zbliżającego się nieuchronnie terminu przedawnienia, stąd wszczęcie postępowania karnoskarbowego. W konsekwencji Sąd uznał, że doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego, a zatem zasadnym było uchylenie decyzji organów obu instancji i umorzenie postępowania.

Wyrokiem z 17 kwietnia 2024 r., sygn. I SA/Łd 146/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi uchylił interpretację indywidulną Dyrektora KIS z 27 grudnia 2023 r. o sygn. 0113-KDIPT2-3.4011.775.2023.1.GG.

Podatnik reprezentowany przez Kancelarię – spółka komandytowa z branży transportowej – zaskarżył interpretację, w której organ uznał, że spółka jest zobowiązana pobrać zryczałtowany PIT już w momencie wypłacania zaliczek komplementariuszom na poczet zysku w ciągu roku podatkowego. Dyrektor KIS oparł swoją opinię na art. 24 ust. 5 ustawy o PIT, zgodnie z którym dochodem z udziału w zyskach osób prawnych jest dochód faktycznie uzyskany z tego udziału. Organ ocenił, że wypłata zaliczek powstanie więc w momencie ich faktycznego uzyskania przez podatnika, tj. w trakcie roku podatkowego. Tym samym odebrał podatnikowi prawo do zastosowania odliczenia z art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, które umożliwia komplementariuszom pomniejszenie podatku o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału w zysku spółki i podatku należnego od dochodu tej spółki.

Z rozstrzygnięciem organu nie zgodził się WSA w Łodzi. Sąd przyznał rację podatnikowi, że do obliczenia wysokości podatku PIT od zaliczek wypłacanych komplementariuszom konieczne jest poznanie wysokości podatku CIT należnego od spółki za dany rok podatkowy. To zaś będzie możliwe dopiero po zakończeniu roku podatkowego. Sąd zwrócił uwagę, że choć w momencie uzyskania faktycznego przychodu przez komplementariuszy (moment wypłaty zaliczek) powstanie obowiązek podatkowy, nie oznacza to jednak obowiązku zapłaty podatku. Podatek należy uiścić dopiero w momencie przekształcenia obowiązku podatkowego w zobowiązanie podatkowe. Zobowiązanie podatkowe powstanie natomiast gdy będzie możliwość określenia wysokości należnego podatku do zapłaty. Do określenia wysokości podatku niezbędne jest zastosowanie wszelkich możliwych odliczeń. Dlatego też, z uwagi na odliczenie przewidziane w art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, niemożliwe jest prawidłowe obliczenie wysokości podatku w trakcie roku podatkowego. Oznacza to, że obowiązek pobrania przez spółkę zryczałtowanego podatku dochodowego od wypłat komplementariuszom zaliczek na poczet zysku nie może powstać w trakcie roku, ponieważ musi uwzględnić wysokość podatku CIT spółki.

Uzyskany przez naszą Kancelarię wyrok potwierdza, że w sytuacji wypłaty komplementariuszom zaliczek na poczet zysku powinny być one opodatkowane dopiero po zakończeniu roku podatkowego, kiedy będzie możliwe zastosowanie odpowiedniego odliczenia. Wyrok wzmacnia ochronę podatników przed przedwczesnym pobieraniem podatku i w konsekwencji – uniemożliwianiem zastosowania przysługujących według prawa odliczeń.

Wyrokiem z 6 marca 2024 r., o sygn. III SA/Wa 2744/23 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 27 października 2023 r. nr. […] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych. Ponadto Sąd przyznał Stronie zwrot kosztów postępowania sądowego. Tym samym WSA w całości przychylił się do żądań, reprezentowanej przez Kancelarię, Strony.

Skarżący zwrócił się w wniosku o interpretację podatkową z następującymi pytaniami: Czy działalność polegająca na tworzeniu i rozwijaniu programów komputerowych (testów automatycznych) stanowi działalność badawczo rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38 ustawy o PIT?; Czy Wnioskodawca będzie mógł rozliczyć dochód uzyskiwany ze sprzedaży autorskich praw majątkowych do programów komputerowych (testów automatycznych) wytwarzanych i rozwijanych przez Wnioskodawcę w ramach prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej z zastosowaniem 5% stawki podatku dochodowego od osób fizycznych stosownie do art. 30ca ust. 1 ustawy o PIT?; Czy wydatki ponoszone przez Wnioskodawcę w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, które są funkcjonalnie i bezpośrednio związane z wytwarzaniem programów komputerowych, takie jak wydatki na: zakup usług księgowych, raty leasingowe związane z umową leasingu operacyjnego samochodu osobowego oraz innych wydatków z tym związanych, składki na ubezpieczenia społeczne, usługi telekomunikacyjne, będzie mógł uwzględnić jako koszty do obliczenia wskaźnika nexus, o których mowa w art. 30ca ust. 4a ustawy o PIT na potrzeby wyliczenia kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej? Zdaniem Skarżącego, odpowiedź na pytania interpretacyjne jest twierdząca.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej uznał, że zaprezentowane stanowisko jest prawidłowe w części  w części dotyczącej uznania działalności polegającej na tworzeniu i rozwijaniu programów komputerowych (testów automatycznych) w latach 2019- 2022 za działalność badawczo-rozwojową oraz nieprawidłowe w części dotyczącej możliwości skorzystania z ulgi IP Box za lata 2019-2022, w przypadku gdy ewidencja nie była prowadzona. Co więcej, zdaniem DIAS z uwagi, że w latach 2019-2022 r., jak i na moment złożenia wniosku, Skarżący nie prowadził odrębnej ewidencji (o której mowa w art. 30cb ust. 1 i 2 ustawy o PIT) to nie może skorzystać z preferencyjnego opodatkowania dochodów osiągniętych z tego tytułu według stawki 5% .

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nie podzielił argumentacji organu podatkowego. Sąd przyznał rację naszej Kancelarii stwierdzając, że Organ naruszył art. 30ca w zw. z art. 30cb ust. 2 ustawy o PIT. W wydanym rozstrzygnięciu Dyrektor KIS niezasadnie zakwestionował możliwość zastosowania stawki podatku 5% do dochodów osiąganych przez Skarżącego z kwalifikowanych IP z uwagi na to, że Skarżący nie wypełnia obowiązków wynikających z art. 30cb ustawy o PIT tj. nie prowadzi na bieżąco ewidencji.

W związku z powyższym WSA uchylił zaskarżoną interpretację indywidulaną, zaznaczając przy tym, że przy ponownym rozpoznaniu wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, DIAS winien uwzględnić ocenę Sądu zawartą w niniejszym wyroku.

Wyrokiem z dnia 21 listopada 2023 r., sygn. akt I FSK 1582/19 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 lutego 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 1036/18, w sprawie ze skargi F. sp. z o.o. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 7 lutego 2018 r. nr […].

Organy podatkowe kwestionowały w przedmiotowej sprawie tryb dokonania przez Spółkę rocznej korekty w zakresie podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną, zwolnioną oraz niepodlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT (tzw. sprzedażą mieszaną). Spór dotyczył zasadności zastosowania art. 86 ust. 13 u.p.t.u. w sytuacji, gdy Spółka F. sp. z o.o.  złożyła korektę deklaracji za styczeń 2008 r. w dniu 31 grudnia 2012 r.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W., z uwagi na dyspozycję art. 86 ust. 13 u.p.t.u. w przypadku faktur wystawionych na rzecz Spółki i otrzymanych w 2007 r., Skarżąca miała prawo dokonywać korekt deklaracji za poszczególne okresy rozliczeniowe 2007 r. do dnia 31 grudnia 2011 r. Po upływie tego terminu Spółka nie miała prawa do odliczenia podatku naliczonego z tych faktur w poszczególnych okresach 2007 r. Nie zaistniały przy tym podstawy do odstąpienia od zastosowania przepisu art. 86 ust. 13 u.p.t.u., gdyż nie można Skarżącej uznać za „starannego podatnika”.

Naczelny Sąd Administracyjny nie podzielił argumentacji Dyrektora Izby Administracji w W. Przychylił się on do stanowiska Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w W. oraz argumentacji prezentowanej przez Kancelarię, uznając, że F. sp. z o.o. miała prawo do odliczenia podatku zarówno do zakupów związanych z czynnościami opodatkowanymi, jak i nie podlegającymi opodatkowaniu. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w niniejszej sprawie zastosowanie znajdą przepisy art. 90 i 91 u.p.t.u., które są regulacją szczególną wobec ogólnej zasady wyrażonej w art. 86 u.p.t.u. Skoro termin z art. 86 ust. 13 u.p.t.u. nie miał zastosowania w przedmiotowej sprawie, korekta deklaracji za styczeń 2008 r. wraz z korektą roczną podatku naliczonego za 2007 r. została złożona przed upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.

Naczelny Sąd Administracyjny nie dostrzegł naruszenia przez Wojewódzki Sąd Administracyjny prawa procesowego ani materialnego. Wobec powyższego, skarga kasacyjna organu podatkowego podlegała oddaleniu.

Wyrokiem z 16 listopada 2023 r., sygn. III SA/Wa 1938/23 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił interpretację indywidualną Dyrektora KIS z 16 czerwca 2023 r. o sygn. 0115-KDST2-2.4011.270.2023.2.AJZ.

Sprawa dotyczyła preferencyjnego opodatkowania dochodów osiąganych z praw własności intelektualnej. Organ w zaskarżonej interpretacji odpowiedział na pytanie czy tworzenie i rozwijanie programów komputerowych (testów automatycznych) jest działalnością badawczo-rozwojową oraz czy dochód uzyskiwany z takiej działalności będzie mógł być opodatkowany preferencyjną stawką 5%.

Dyrektor KIS uznał, że co prawda tworzenie testów automatycznych stanowi działalność badawczo-rozwojową, nie może być jednak, w sytuacji podatnika, podstawą do skorzystania z ulgi IP Box. Nie został spełniony bowiem wymóg prowadzenia oddzielnej ewidencji wynikający z art. 30cb ust. 2 ustawy o PIT. Organ tłumaczył, że ewidencja powinna być prowadzona na bieżąco. Stworzenie jej dopiero przed rozliczeniem nie upoważnia do skorzystania z ulgi za lata 2019-2021.

Z opinią taką nie zgodził się WSA w Warszawie, który przychylając się do argumentacji Kancelarii, stwierdził, że ewidencja wcale nie musi być prowadzona na bieżąco. Obowiązek taki nie wynika wprost z przepisów, a nie istnieje żadna ogólna zasada prawna dotycząca ewidencji, która wymagałaby prowadzenia ich na bieżąco. Dlatego ewidencja może być wykonana na moment rozliczenia.

Tym samym wzmocniona została linia orzecznicza sądów administracyjnych, które już nieraz odnosiły się do braku obowiązku prowadzenia na bieżąco ewidencji w przypadku ulgi IP Box. Mimo to organy skarbowe wciąż trzymają się swojej interpretacji przepisów. Pokazuje to, że czasami nawet wyjaśnione przez sądy kwestie są podważane przez organy i warto korzystać z sądowej kontroli działalności organów administracji publicznej.