Wyrokiem z dnia 19 września 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 219/19 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia […] grudnia 2018 r. nr […] w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2013 r. i 2014 r. oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia […] października 2018 r. , nr […], a także zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz N. sp. z o.o. w W. kwotę 13.401 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Sąd Administracyjny w niniejszej sprawie uznał skargę Podatnika za zasadną i stwierdził, że zaskarżona decyzja oraz poprzedzająca ją decyzja Naczelnika US zostały wydane z naruszeniem przepisów postępowania, a w szczególności art. 121 § 1, art. 122 § 1, art. 123 § 1, art. 124, art. 187 § 1, art. 188, art. 191 o.p. i art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z § 4, w stopniu, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy. WSA zwrócił uwagę, że organy podatkowe rozpatrując materiał dowodowy nie mogą jak miało to miejsce w przedmiotowej sprawie pominąć jakiegokolwiek przeprowadzonego dowodu, mogą natomiast zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów, wyrażonej w art. 191 O.p., odmówić dowodowi wiarygodności, ale dopiero po wszechstronnym ich rozpatrzeniu, wyjaśniając przyczyny takiej oceny. Pominięcie oceny określonego dowodu budzić musi uzasadnione wątpliwości co do trafności oceny innych środków dowodowych, może bowiem prowadzić do wadliwej ich oceny.
Kolejne uchybienie w działaniu organów wskazane przez Sąd polegało na tym, że organy swoje ustalenia ograniczyły do powołania się na ustalenia dokonane przez inny organ w protokole kontroli i decyzji wydanej wobec jednego z kontrahentów (podwykonawców). Tym samym zdaniem Sądu organy zastosowały wnioskowanie na zasadzie analogii, co jest niedopuszczalne i stanowi naruszenie przepisów art. 122, art. 187 i art. 191 O.p., które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. WSA przypomniał przy tym, że wprawdzie wydana wobec kontrahenta decyzja stanowi dokument urzędowy w rozumieniu art. 194 § 1 O.p. i stanowi „dowód tego, co zostało w niej urzędowo stwierdzone”, jednakże charakter decyzji jako dokumentu urzędowego nie oznacza bezwzględnego związania organu podatkowego w danej sprawie ustaleniami, jakie zostały przyjęte za podstawę wydania decyzji w innej sprawie. Wynikające z tych decyzji wydanych wobec kontrahentów podatnika ustalenia i wnioski powinny podlegać ocenie przy wydaniu decyzji wobec podatnika. Dowody muszą być zgromadzone, przeanalizowane i ocenione przez organ prowadzący dane postępowanie.
Podsumowując, WSA stwierdził, że stan faktyczny sprawy nie został dostatecznie wyjaśniony, a wnioski organu przedstawione w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji i decyzji ją poprzedzającej albo nie mają dostatecznego odzwierciedlenia w materiale dowodowym albo pozostają z nim w sprzeczności. Nadto w uzasadnieniu decyzji zabrakło też zindywidualizowanych ustaleń i ocen odnośnie zakwestionowanych faktur, czy też transakcji. W związku z powyższym Sąd był zobligowany do uchylenia zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika US, właśnie z uwagi na naruszenie wskazanych wyżej przepisów postępowania.