Czas trwania kontroli podatkowej w firmie 

Długość trwania kontroli podatkowej podlega ograniczeniom czasowym, które są ściśle regulowane przepisami prawa. Art. 55 Prawa przedsiębiorców w związku z art. 291c Ordynacji podatkowej, stanowi, jakie są roczne limity czasu trwania kontroli podatkowej dla różnych kategorii przedsiębiorców. Gwarancje te nie mają jednak charakteru absolutnego, zatem poznanie sytuacji, w których organy podatkowe nie są zobowiązane przestrzegać wskazanych terminów, jest kluczowe dla ochrony interesu swojej firmy.  

Jak długo może trwać kontrola podatkowa przedsiębiorcy? 

W każdym roku kalendarzowym łączny czas wszystkich kontroli podatkowych u danego przedsiębiorcy nie może przekroczyć: 

• 12 dni roboczych dla mikroprzedsiębiorców, 

• 18 dni roboczych dla małych przedsiębiorców, 

• 24 dni roboczych dla średnich przedsiębiorców, 

• 48 dni roboczych dla pozostałych przedsiębiorców. 

Warto podkreślić, że limity te odnoszą się do konkretnego roku kalendarzowego, co oznacza, że jeżeli kontrola rozpoczęła się w jednym roku, a kontynuowana jest w kolejnym, czas przeznaczony na kontrolę w nowym roku liczony jest od nowa. 

Jeśli organ podatkowy przekroczy ustawowy czas trwania kontroli, przedsiębiorca ma prawo do wniesienia sprzeciwu. Otrzymanie sprzeciwu obliguje organ do wstrzymania czynności kontrolnych do czasu jego rozpatrzenia, a także powoduje zawieszenie biegu czasu trwania kontroli. W sytuacji, gdy opisany wyżej limit czasu zostanie wyczerpany, organ powinien rozważyć, czy istnieją podstawy do jego przedłużenia. 

Przedłużenie czasu trwania kontroli – co obejmuję?

Przesłanki do przedłużenia kontroli podatkowej obejmują: 

1. przyczyny niezależne od organu kontroli, takie jak nieobecność kontrolowanego czy brak dostępu do dokumentacji, 

2. ujawnienie w toku kontroli: 

• zaniżenia zobowiązania podatkowego przekraczającego równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego (ale nie mniej niż 500 zł),  

• zawyżenia straty przekraczającej równowartość 50% kwoty zadeklarowanej straty (ale nie mniej niż 2500 zł) lub 

• niezłożenia wymaganej deklaracji, 

3. wykazanie rażącego naruszenia przepisów prawa przez przedsiębiorcę. 

Przedłużenie czasu trwania kontroli z przyczyn niezależnych od organu uzasadnia on na piśmie doręczanym następnie przedsiębiorcy. Ze względu na tę przesłankę organ może nadal prowadzić kontrolę pomimo upływu jej terminu, ale jedynie w ramach limitu czasu wyznaczonego przez omówiony art. 55 Prawa przedsiębiorców. Natomiast w przypadku ujawnienia wskazanych w pkt 2 nieprawidłowości, organ ma obowiązek zawiadomienia kontrolowanego o tej okoliczności i wskazania zgromadzonego w tym zakresie materiału dowodowego.

Po dokonaniu tych formalności może on kontynuować kontrolę przez dwukrotność czasu przewidzianego dla danej kategorii przedsiębiorców. Jeżeli natomiast wyniki kontroli wykazały rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, organ zyskuje uprawnienie do powtórnego przeprowadzenia kontroli w tym samym zakresie przedmiotowym w danym roku kalendarzowym, a czas jej trwania nie może przekraczać 7 dni. Czas trwania tejże powtórnej kontroli nie wlicza się do omówionych limitów.  

Powyższe prowadzi więc do wniosku, iż przekroczenie podstawowego czasu kontroli, w braku przesłanek uprawniających do wydłużenia czasu kontroli lub ponownego jej przeprowadzenia, powoduje, iż kontrola kończy się z momentem upływu tego podstawowego czasu. Należy jednak podkreślić, że samo przekroczenie terminu kontroli nie może automatycznie podważać jej wyników i czynić jej bezskuteczną. Do dyskwalifikacji dowodów może dojść tylko w przypadku, gdy naruszenie terminu kontroli znacząco wpłynęło na wynik postępowania (zob. wyrok NSA z 14.09.2017 r., I FSK 287/16; wyrok NSA z 8.12.2016 r., I FSK 775/15). 

Wyjątki od ograniczeń czasowych 

Ustawodawca przewidział również sytuacje, w których organy podatkowe w ogóle nie są związane terminami z art. 55 Prawa przedsiębiorców. Ma to miejsce m.in., gdy kontrola podatkowa: 

• jest niezbędna dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia; 

• jest uzasadniona bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska; 

• dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu; 

• jest kontrolą amerykańskich rachunków raportowanych. 

Warto wskazać, że pierwsza z przywołanych przesłanek może być interpretowana nader szeroko. Przykładowo, jeżeli rozliczenie podatku VAT za poszczególne miesiące objęte zakresem kontroli nie odzwierciedla rzeczywistego stanu rzeczy zarówno po stronie wykazanych dostaw jak i nabyć, to istnieje podstawa podejrzenia co najmniej wykroczenia skarbowego, co stanowi jedną z przesłanek do prowadzenia kontroli podatkowej bez ograniczenia czasowego (wyrok WSA w Bydgoszczy z 12.07.2016 r., I SAB/Bd 5/16).  

Co wlicza się do czasu trwania kontroli podatkowej? 

Omawiane limity czasowe prowadzenia kontroli podatkowej, odnoszą się wyłącznie do czynności przeprowadzanych u przedsiębiorcy – w jego siedzibie lub we wskazanym przez niego miejscu, mając przez to wpływ na bieżące funkcjonowanie przedsiębiorstwa (wyrok NSA z 16.03.2022 r., II FSK 1643/19; wyrok NSA z 7.06.2017 r., II FSK 1418/15). Oznacza to, że do czasu trwania kontroli nie wlicza się działań podejmowanych przez organ podatkowy poza siedzibą kontrolowanego, takich jak analiza dokumentów czy sporządzanie protokołu w urzędzie skarbowym.  

Takie ukształtowanie linii orzeczniczej sądów ma swoje uzasadnienie w interpretacji celowościowej. Limity czasowe zostały bowiem wprowadzone by chronić przedsiębiorcę przed nadmierną uciążliwością dla bieżącej działalności kontrolowanego. Natomiast jedynie czynności, które są wykonywane na miejscu u przedsiębiorcy mogą skutkować taką realną jej dezorganizacją. 

Dodatkowo, zgodnie z art. 50 ust. 4 Prawo przedsiębiorców do czasu trwania kontroli podatkowej nie wlicza się również okresów, w których przedsiębiorca lub osoba przez niego upoważniona są nieobecni, jeżeli stanowi to przeszkodę w wykonaniu czynności kontrolnych. 

W tym kontekście warto również wskazać, że kontrola podatkowa może być prowadzona zdalnie, za zgoda przedsiębiorcy, jeśli może to usprawnić jej prowadzenie lub przemawia za tym charakter prowadzonej przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej. Prowadząc czynności sprawdzające w tym trybie organy nadal muszą respektować wyznaczone limity czasowe. Uchwycenie ich przekroczenia może być jednak w tym przypadku utrudnione.  

Pomoc prawna w trakcie trwania kontroli podatkowej w firmie

Podstawowym celem ustawowego ograniczenia czasu trwania kontroli podatkowej w firmie jest ochrona przed nadmierną ingerencją organów podatkowych uniemożliwiającą normalne prowadzenie działalności przedsiębiorstwa. Niemniej jednak, istnieją sytuacje, w których limity te mogą być wydłużane lub gdy wcale nie obowiązują. Z tego powodu ważna jest świadomość prawna podatników oraz przygotowanie na różne scenariusze kontroli i związane z nimi ryzyka.  

Jako Kancelaria prawno-podatkowa Warszawa wspieramy klienta w kontakcie z organami podatkowymi. Monitorujemy prawidłowość działań organów podatkowych oraz opracowujemy argumentację przedstawianą kontrolującym. Oferujemy wsparcie w przygotowaniu niezbędnych dokumentów oraz reprezentację klienta na wszystkich etapach kontroli podatkowej. Zapraszamy do kontaktu! 

Czytaj również: Kontrola podatkowa – etapy